为加强内部审计工作，经中编办批准，国家税务总局审计司正式设立。审计司是国家税务总局主管内部审计工作的职能部门。主要负责拟定国家税务局系统审计工作制度，组织实施有关审计和审计调查工作，指导、协调国家税务局系统和地方税务局系统的审计工作。

具体职责是：贯彻执行税务总局有关审计工作的部署，编制审计工作计划，根据有关法律、法规，拟定国家税务局系统的审计工作制度并组织实施。负责对税务总局及所属事业单位，各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局有关财务、基本建设、大宗物品采购等项工作进行审计和审计调查，对专业性较强的审计项目可以委托中介机构进行审计调查。负责对各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局主要负责人进行经济责任审计，包括离任审计和定期经济责任审计；负责对特定事项开展专项审计和审计调查。指导国家税务局系统的审计工作，组织审计质量检查，联系、协调地方税务局系统审计工作，审计中央财政划拨地方税务局经费使用情况。负责与审计等部门协调税务总局和各省、自治区、直辖市国家税务局的审计事项，配合完成相关工作。组织国家税务局系统和地方税务局系统审计人员的培训工作。负责国家税务局系统审计工作的信息统计和资料的汇总分析，管理审计档案。完成税务总局领导交办的其他事项。审计司的设立为加强税务系统内部审计监督，促进干部队伍建设，提高财务管理水平，建设和谐税务将发挥积极的作用。